Proteomics는 유기체, 시스템 또는 생물학적 상황에서 생산되는 전체 단백질 세트에 대한 연구입니다. DNA 또는 전사체와 비교하여 단백질은 표현형 행동과 직접적으로 연결되어 있습니다. 따라서 단백질의 발현은 세포 활동의 더 나은 척도로 간주되며 다양한 세포 상태, 질병 또는 유기체에 대한 귀중한 정보를 얻기 위해 종종 사용되는 비교 분석입니다. 우리는 다양한 생물학적 상황에 대한 분자 메커니즘을 밝히기 위해 LC-MS/MS 기반 라벨 없는 정량 프로테오믹스를 사용합니다. 프로테오믹스 연구의 주요 영역은 다음과 같습니다.
A). 전세포 단백질체학
우리는 식품 안전 및 건강, 영양 및 산업 응용과 관련된 박테리아에 초점을 두고 박테리아의 생리학을 이해하기 위해 전체 세포 프로테오믹스를 사용합니다.
- 식품 안전 : 다양한 스트레스 조건에 대한 다양한 병원성 미생물의 저항 메커니즘을 밝히기 위해 전세포 단백질체학의 비교를 사용합니다. 이것은 효과적인 박멸을 위해 이러한 병원체에 대한 개입 전략을 알려줍니다.
- 유익한 미생물 : 프로테오믹스와 생물정보학적 분석의 조합을 통해 우리는 프로바이오틱 균주 및 인간 장내 미생물 군집 구성원과 같은 다양한 생명공학 응용을 통해 박테리아의 대사에 대한 통찰력을 얻을 수 있습니다. 이것은 인체 영양 또는 산업 응용 분야에서 이러한 미생물의 설계 및 사용을 알려줍니다.
B). 생물학적 체액
우리는 라벨이 없는 정량 프로테오믹스를 사용하여 질병, 영양 또는 약물 개입의 결과로 다양한 생물학적 체액 또는 조직의 분자 변화를 평가합니다.
- 모체 모유: 현재 한국, 베트남, 중국, 파키스탄 등 아시아 4개국 산모의 모유에서 단백질체 변화를 조사하고 있습니다.
- 기타 생체 시료: 또한 인간과 동물 모두에 대해 혈청, 사후 혈청, 뇌척수액 등과 같은 표적 생체액의 단백질 변화를 조사합니다. 이것은 개입의 효능과 전반적인 생리학적 반응에 대한 통찰력을 얻는 데 도움이 됩니다.
연구 결과:
1. Comparative Whole Cell Proteomics of Listeria monocytogenes at Different Growth Temperatures. Journal of Microbiology & Biotechnology 2020, 30(2):259-270.
2. Comparative and bioinformatics analyses of pathogenic bacterial secretomes identified by mass spectrometry in Burkholderia species.Journal of Microbiology 2017, 55(7):568-582.
3. Impact of High-Level Expression of Heterologous Protein on Lactococcus lactis Host. Journal of Microbiology & Biotechnology 2017, 27(7):1345-1358.
4. Comparative proteomics: assessment of biological variability and dataset comparability.BMC Bioinformatics 2015, 16(1): 121.
5. Proteomic analysis of Bifidobacterium longum subsp. infantis reveals the metabolic insight on consumption of prebiotics and host glycans. PLoS One 2013, 8(2):e57535.
6. Oligosaccharide binding proteins from Bifidobacterium longum subsp. infantis reveal a preference for host glycans. PLoS One 2011, 6(3):e17315.
